Der schöne Chorraum der Kirche mit dem Hauptaltar in der Mitte sowie den beiden Seitenaltären:
Der Mittelaltar zeigt die Steinigung des Erzmärtyrers St. Stephanus, signiert 1890 von Carl Georg Kaiser, eines Schülers von Paul von Deschwanden.
Der linke Seitenaltar zeigt die gefolterte St. Agatha von Catania,
der rechte Seitenaltar wie St.Gallus am Bodensee das Wort Gottes predigt.
Beide stammen aus dem Jahre 1892 und wurden vom Maler Johannes Cahn geschaffen.
Erhalten blieb auch eine Reihe von Statuen, darunter vier dargestellte Kirchenlehrer und
vor allem die spätgotische Träubelesmadonna von bester künstlerischer Qualität.
Das Gottenheimer Kreuz stellt ein kunsthistorisch bedeutsames Zeugnis aus der Blütezeit der Goldschmiedekunst am Oberrhein zu Beginn des 16. Jahrhunderts dar.
Datiert 1519, oberrheinische Werkstatt (Freiburg oder Straßburg).
Korpus aus Silber getrieben, gegossen, montiert. Vorbild: Baden-Badener Kruzifixus des Nikolaus von Leyden. 1.Nachbildung in Metall.